Matjaž Černila se s spoznavanjem in proučevanjem metuljev ukvarja že od otroštva, ko ga je kot številne druge šolarje pritegnila njihova lepota. To zanimanje je ohranil tudi pozneje in ga z leti nadgradil v strokovno delo. Temu so poleg vztrajnosti botrovala številna srečna naključja, ki so ga obdržala na tej poti. Posebno pomembno je bilo članstvo v Slovenskem entomološkem društvu Štefana Michielija, kjer mu je bil mentor dr. Jan Carnelutti.
Čeprav Matjaž Černila nima akademske izobrazbe, mu je geografsko območje dela in sodelovanje s strokovnjaki iz Slovenije in Evrope uspelo razširiti na celotno ozemlje Palearktike -- od Portugalske do vzhodne Sibirije in od rta Tajmir na Severu Sibirije do južnega Kazahstana. Od leta 2006 s posebnim zanimanjem raziskuje azijski del Palearktike. V Rusiji sodeluje z Altajsko univerzo v Barnaulu, Inštitutom za sistematiko in ekologijo živali v Novosibirsku, Inštitutom za biološka vprašanja severa v Magadanu in Magadanskim državnim naravnim parkom, v Kazahstanu pa z Univerzo S. Torajgirova v Pavlodaru in Narodnim parkom Bajanaul. Je soavtor nekaj novoodkritih vrst nočnih metuljev. Eno od njih, ki jo je odkril na ruskem Altaju, je njegov prijatelj, ruski entomolog, ki je vrsto opisal, poimenoval po njem Xylena czernilai.
Matjaž Černila je od leta 1990 zaposlen v Prirodoslovnem muzeju Slovenije.